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宅基地上的房屋可以说比商品房值钱，也可以说它根本就不值钱。值钱是因为一旦被拆迁赔偿费用总额不会低于商品房，不值钱是因为宅基地归村集体所有，宅基地上的建筑物只跟着户籍上的人走，同村交易不值钱，对外交易形成不了财产转移合法手续。
同样是宅基地但命运也不一样：
曾经轰动一时的深圳亿元村，赔偿费用至少也有几千万不假。深圳的商品房价格动辄8万、10万/平米，而深圳的城中村建设更是奇葩，一个基地面积只有100平米的房子，却硬深深地被造到7层以上，这样一户人家建筑面积就要7、8百平米，即便把违章部分大打折扣，那一户也至少有4、5百平米可以补偿。也就是一户3000-5000万也就稀松平常。
可目前很多小县城拆迁安置十分普遍，偌大的一个院子造了基地面积100平米的三层或二层半房子，违章建筑即便不先拆可安置也会补。安置时既看面积又看人口，还有看户口数量。统一的一套安置标准，各地虽各不相同，可也大同小异如出一辙。补偿个3-5套房子，200-300平方还是有的。
补偿同等面积的商品房价格也是有区别的。
可如果补偿的房产是单独安置，即便是一比一的比例，那也是安置房价格要低20%-30%。因为不仅在于安置房设计上的简单化，实用面积要少，还有小区的物业和环境也要差一点，更重要的是安置房居住人员比较杂乱，形成不了高端人群的居住环境。
总之，宅基地上的房屋与周边商品房很难比较，商品房具有交易价值，而宅基地的转让价值很低。
但随着农村宅基地确权后，宅基地进行市场流通中的价值才可能发挥出来，相信宅基地未来会越来越值钱。可也很难进行相互比较，不同的宅基地土地面积，不同的容积率，以及不同的房产特色其价值也是不一样的。